通常，免疫系统能够区分健康细胞和异常细胞。肽是每个细胞内蛋白质合成和分解产生的片段，作为抗原呈现在表面上，并作为信号向免疫细胞发出信号，告知免疫细胞是否应该单独留下或标记以进行破坏和清除。

由于癌细胞显示出少量与肿瘤相关的抗原和由基因突变引起的抗原，因此它们可以成为免疫系统的目标。然而，癌细胞可以制定逃避免疫系统检测的策略。癌症免疫疗法抵消了这些策略，但仅针对某些癌症和某些患者。那些确实起作用的人会产生强大的结果。

研究人员和临床医生正在探索如何提高免疫疗法对更多癌症类型和患者的成功率。在这项工作中，他们将免疫疗法与靶向疗法相结合，靶向疗法是旨在抑制细胞中选定蛋白质靶标的小分子。为了设计有效的组合，需要更好地了解靶向疗法如何改变免疫肽组——表面呈递肽抗原的所有组成部分。

包括科赫研究所成员 Forest White、Ned C. 和 Janet Bemis Rice 教授以及麻省理工学院精准癌症医学中心成员以及福特生物工程、化学工程和生物学教授 Douglas Lauffenburger 在内的一组研究人员开发了一种技术用于准确量化免疫肽组的变化。

在由研究生 Lauren Stopfer 领导并出现在Nature Communications上的一项研究中，研究人员使用该平台分析了 CDK4/6 抑制剂(一类已知的抗癌药物)对黑色素瘤细胞系免疫肽组的影响。除了确定药物开发的潜在抗原靶点外，他们的结果还强调了 CDK4/6 抑制剂成为某些免疫疗法有效伙伴的潜力。最终，该平台可以帮助癌症研究人员设计新的靶向药物和免疫疗法或针对这些类型疗法的组合进行临床试验。

高质量量化

目前，为了检查细胞如何响应暴露于药物或其他扰动而改变其免疫肽组，研究人员使用一种称为质谱法的技术来量化肽表达的倍数变化或后续测量之间幅度的相对变化抗原。然而，目前大多数基于质谱的方法并不能提供免疫肽组动力学的完整或什至可靠准确的图像。