范德比尔特-英格拉姆癌症中心的研究人员发现了新的基因,使人们患结肠癌和直肠癌的风险更高。
研究人员进行了一项大型转录组范围关联研究(TWAS),以及一种称为剪接-TWAS 的替代方法,以加强基因发现。他们发现了两个先前未报道的基因 TRPSI 和 METRNL 的致癌作用,并证实了另一个最近报道的基因 C14orfl66 的癌症易感性。研究结果于 8 月 23 日在线发表在《JNCI:美国国家癌症研究所杂志》上。
“为了识别结直肠癌的新易感基因,需要不断努力。在我们的研究中,我们利用新的大型 RNA-seq 数据,并采用 TWAS 方法和剪接 TWAS 来增强新基因的发现。通过结合这些基于人群的分析,通过功能研究,我们可以进一步了解结直肠癌发展的生物学机制,这可能有助于将遗传发现转化为预防和治疗这种常见恶性肿瘤的方法。”博士,医学和生物医学信息学副教授。
尽管通过全基因组关联研究(GWAS)发现了 200 多种常见遗传变异与结直肠癌相关,但其中绝大多数风险位点的靶基因和潜在生物学机制仍不清楚。GWAS 识别的风险变异只能解释大约一半的结直肠癌遗传性。TWAS 研究可以进一步查明敏感性。研究人员使用的另一种方法,即剪接-TWAS,在结直肠癌方面很大程度上仍未得到探索。
研究人员对正常结肠组织进行了 RNA 测序,并整合了 423 个欧洲后裔的基因分型数据,建立了基因表达和选择性剪接的遗传预测模型。
综合 TWAS 和剪接 TWAS 研究的结果后,研究人员总共鉴定出了 57 个与结直肠癌风险相关的基因。其中 16 个尚未在 GWAS 研究中报告。