新的数据科学工具大大加快了我们环境的分子分析

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导读 由加州大学河滨分校的科学家领导的研究小组开发了一种计算工作流程,用于分析代谢组学领域的大型数据集。代谢组学是研究细胞、生物流体、组...

由加州大学河滨分校的科学家领导的研究小组开发了一种计算工作流程,用于分析代谢组学领域的大型数据集。代谢组学是研究细胞、生物流体、组织和整个生态系统中的小分子。

最近,该团队应用这一新计算工具分析了南加州海水中的污染物。该团队迅速捕捉到了沿海环境的化学特征,并突出了潜在的污染源。

“我们感兴趣的是了解这些污染物是如何进入生态系统的,”领导该研究小组的加州大学河滨分校生物化学助理教授丹尼尔·佩特拉斯 (Daniel Petras) 表示。“由于海洋的化学多样性,确定海洋中哪些分子对环境健康至关重要并不容易。我们开发的协议大大加快了这一过程。更有效地对数据进行分类意味着我们可以更快地了解与海洋污染相关的问题。”

Petras 和他的同事在《自然实验方案》杂志上报告称,他们的实验方案不仅适合经验丰富的研究人员,也可用于教育目的,因此是学生和早期科学家的理想资源。该计算工作流程配有一个可访问的 Web 应用程序,该应用程序具有图形用户界面,使非专家也能进行代谢组学数据分析,并使他们能够在几分钟内从数据中获得统计见解。

“从初学者到专家,各种各样的研究人员都可以使用该工具,而且该工具是专门为配合我所在团队正在开发的分子网络软件而定制的,”论文合著者、加州大学河滨分校计算机科学与工程系助理教授王明勋 (Mingxun Wang) 说道。“对于初学者来说,我们提供的指南和代码使他们更容易理解常见的数据处理和分析步骤。对于专家来说,它可以加速可重复的数据分析,使他们能够分享他们的统计数据分析工作流程和结果。”

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