发酵床养殖最常用的菌种包括EM菌（有效微生物群）、枯草芽孢杆菌、酵母菌、放线菌和乳酸菌等，实际应用中多采用复合菌种，即多种功能菌按比例混合，以实现快速分解粪便、除臭、抑制病原菌的效果。其中EM菌因其菌群协同作用强、适用范围广，被广大养殖户首选。
发酵床菌种的选择需根据养殖动物种类、垫料材质和环境温度调整。例如，猪舍发酵床宜选用耐高湿的菌种，鸡舍则需侧重除氨能力。复合菌种中常包含好氧菌与厌氧菌，确保深层与表层均能高效分解。市场上常见的成品发酵床菌种有粉剂和液体两种形式，粉剂保存期长，液体菌种活化速度快。使用时需按说明书稀释并均匀喷洒在垫料（如锯末、稻壳）上，控制水分在40%～50%，定期翻耙以维持活性。
【常见问题】
问题1：发酵床菌种可以自制吗？
回答1：可以。使用原土、米糠、红糖和水按比例混合后密封发酵数天，即可获得简易土著菌种，但效果不如专业商品菌种稳定，且需注意杂菌污染。
问题2：菌种多久需要补充一次？
回答2：一般每2～3个月补充一次。若发现垫料板结、臭味加重或分解速度下降，需及时追加菌液，并翻耙垫料增加氧气。
问题3：发酵床菌种会不会对动物有害？
回答3：正规菌种均为安全益生菌，如枯草芽孢杆菌、乳酸菌等，不致病。但需避免使用霉变或过期菌种，防止二次污染。