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小说《海上牧云记》的结局是：牧云寒和穆如家族成员合力推翻未岚的暴政，在人间建立大端朝，成为皇帝后传播食物御养苍生，探寻东方尽头博睿世界的事情经过叙述之下形成了帝穹书院下的绝笔小说卷的故事背景，小说的结尾给读者留下了悬念。

另外的说法是牧云笙为了寻找心中的海彼岸终于找到了可以御龙飞翔的办法。

但他选择舍弃一切去追随瀚洲的龙神，最后消失在九州之上。

至于其他人物的结局，建议观看电视剧版或查阅原著小说获取更多信息。

以上内容仅供参考，请以原著小说为准。