随着环境污染、生态失衡等问题的出现和茶叶产业的扩大，茶叶中的污染物残留问题也日益严重。农药残留是当前茶叶出口和内销中遇到的最大的卫生质量问题，同时也是我国茶叶生产上长期存在的“老大难”。近几年不少茶叶进口国都针对农残颁布了限量标准，尤其是欧盟，到目前为止，已经对茶叶农药残留作出了118项最高限量规定，加上欧盟各成员国如西班牙、德国、荷兰等国家还分别有自己本国的农残执行标准，检测项目越来越多。尤其是西班牙等国自2001年初开始，在对我国出口茶叶采取严格检测措施的同时，并将农残超过限量规定的案例列入了欧盟委员会食品快速预警系统予以了通报。从我国农药的残留情况来看，在20世纪80年代以前，主要是六六六和DDT。由于相关政策的出台，近年来，这两种农药的残留已经得到有效控制。
对于我国绿茶、普洱茶、乌龙茶这3种茶叶的出口检测结果及一些报道中，可得到结论是：
农药残留问题，在绿茶上表现不是很突出，主要原因在于绿茶采摘时间较早，一般为每年的三四月份，这个时期茶树虫害还比较少，因此农药的使用也相对较少。浙江绿茶有望成为全国无污染绿茶的先锋。
对于福建乌龙茶，有报道认为近年来氰戊菊酯、甲氰菊酯和优乐得等农药有可能发展成为我国茶叶农残超标的主要问题。针对这一现状，福建乌龙茶产区各级政府都高度重视，采取了多项综合措施，从源头抓起。通过培育改良抗病虫害的茶树新品种、加快生物防治步伐、加大生态、有机茶、无公害茶园基地的建设、建立茶叶质量可追溯体系、落实各级领导责任制等一系列有力措施，乌龙茶农残超标问题有了很大的改善，确保了茶叶安全质量。
云南茶叶由于，一是云南茶叶种植区域海拔较高，气温低，病虫害少。二是茶园分散于山林中，自然生态平衡能力强。三是农业生产水平较低，茶农收入少，用药也少。四是云南山高坡陡，偶有用药也容易被雨水带走，不易在土壤里残留。五是云南工业污染少。前几年，云南出口欧盟三千多吨茶叶，没有一例农残超标。值得关注的是，今后普洱茶市场好了，茶农收入增加，用药也相应增加。如在发展中农残问题解决不好，没有引起足够重视，若干年后市场准入标准提高，普洱茶农残会不会增高？因此有关部门要有居安思危的思想，制定有效措施，保证普洱茶出口农残不会因市场准入标准提高而超标。
